Необходимо работать в более-менее защищенной системе, то есть в которой поддерживается разделение полномочий. Класс защиты операционной системы должен быть не ниже C2. К таким системам относят семейство операционных систем Windows NT, многие UNIX подобные системы.

Не работать под учетной записью с правами администратора, ведь все программы, запускаемые из Вашей учетной записи, будут обладать правами этой учетной записи. Некоторые пользователи скажут:
"Как же так! Как мне конфигурировать свою систему ? "
Лучше всего создать для себя 2 учетных записи. Одна из этих учетных записей будет иметь права администратора, а другая - обычного пользователя. При этом желательно ограничить права второй учетной записи для записи в системные каталоги, например:

C:\Program Files\
C:\Windows

и т.д.
Эта возможность есть у файловых систем NTFS, Ext2, Ext3. У семейства файловых систем FAT такой возможности нет. И работать только в ограниченной учетной записи. При необходисти произвести настройку системы или записать в важные файлы нужно будет просто выполнить соответствующие процессы от имени "администраторской" учетной записи. При этом можно не завершать текущий сеанс, вместо этого современные операционные системы позволяют запускать процессы от имени других пользователей.
Например MS Windows 2000 имеет в своем составе программу "runas", позволяющую выполнить любую программу от имени любого пользователя. Команда

runas /user:root regedit

произведет запрос пароля для пользователя "root" и попытается запустить программу "regedit". Этот механизм позволяет одновременно путешествовать в сети, проверять электронную почту и настраивать систему. Но таким образом стоит запускать лишь доверенные приложения, например браузер или почтовый клиент (особенно Outlook)к таким отнести затруднительно. Все полученные программы перед запуском с административными привилегиями стоит тщательно проверить.

Крайне настороженно относится к поступающим извне программам и компонентам, в том числе и документам MS Office - они поддерживают исполнение макрокоманд. Все такие файлы проверять антивирусом. Если есть возможность - держать антивирусный монитор постоянно загруженным. Конечно это снижает производительность системы, но это можно частично исправить, понизив приоритет процессов - мониторов до минимума. В крайнем случае отключить службу монитора и проверять все входящие файлы программой-сканером.

Ограничить права доступа к таким носителям, как floppy disk и cd-rom, чтобы пользователи с полномочиями "Гость" не могли привнести в систему новых файлов без Вашего ведома.

Использование "файерволов". Желательно применять девиз "все, что не разрешено - запрещено". В большинстве файерволов можно указать список приложений, которые могут обращаться к сети и по каким портам. А остальным программам или разрешенным программам, но по другим портам этот доступ запретить. Файлы настройки должны быть защищены от перезаписи непривилегированными пользователями.

Использовать средства аудита, предоставляемые операционной системой. Хотя грамотная настройка таких средств - тема для отдельного разговора, но аудирование системных событий может помочь в определении факта заражения вирусом или проникновения злоумышленника в систему.